Tổ chức chung

Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội.[3] Tổ chức Đảng bộ trong Quân khu 5 theo phân cấp như sau:

• Đảng bộ Quân khu 5 là cao nhất.
• Đảng bộ Bộ Tham mưu, Cục Chính trị, Cục Hậu cần, Cục Kỹ thuật, các Sư đoàn, Lữ đoàn, Bộ chỉ huy quân sự tỉnh (tương đương cấp Sư đoàn)
• Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc các Cục, Sư đoàn (tương đương cấp Tiểu đoàn và Trung đoàn)
• Chi bộ các cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội)

Thành phần

Về thành phần của Đảng bộ Quân khu 5 thường bao gồm như sau:

1. Bí thư: Chính ủy Quân khu 5
2. Phó Bí thư: Tư lệnh Quân khu 5

Ban Thường vụ

1. Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh kiêm Tham mưu trưởng
2. Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh về động viên
3. Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh về quân sự, chính sách

Ban Chấp hành Đảng bộ

1. Đảng ủy viên: Phó Tư lệnh
2. Đảng ủy viên: Phó Tư lệnh
3. Đảng ủy viên: Phó Chính ủy
4. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Chính trị
5. Đảng ủy viên: Phó Tham mưu trưởng
6. Đảng ủy viên: Phó Tham mưu trưởng
7. Đảng ủy viên: Sư đoàn trưởng Sư đoàn 315
8. Đảng ủy viên: Sư đoàn trưởng Sư đoàn 305 hoặc Sư đoàn 307
9. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Hậu cần hoặc Cục trưởng Cục Kỹ thuật
10. Đảng ủy viên: Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh
11. Đảng ủy viên: Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh
12. Đảng ủy viên: Lữ đoàn trưởng